Σύμφωνα με ανακοίνωση που εξέδωσε η Μητρόπολη Ναυπάκτου και Αγ. Βλασίου εξεδόθη το Προεδρικό Διάταγμα για την διάλυση της Ι. Μονής Μεταμορφώσεως και την συγχώνευσή της με την Ι. Μονή Αμπελακιωτίσσης. Συγκεκριμένα αναφέρονται τα εξής:
"Ανακοινώνεται στο πλήρωμα της Τοπικής Εκκλησίας μας ότι δημοσιεύθηκε στο φύλλο της Εφημερίδος της Κυβερνήσεως (Φ.Ε.Κ. 14/17-1-2013) το υπ' αριθμ. 5/2013 Προεδρικό Διάταγμα για την διάλυση του νομικού προσώπου της Ιεράς Μονής Μεταμορφώσεως Σκάλας Ναυπάκτου και την συγχώνευσή της με την Ιερά Μονή Αμπελακιωτίσσης της Ιεράς Μητροπόλεώς μας.
Παράλληλα η Ιερά Μητρόπολη θέλει να καταστήση γνωστά τα εξής:
1. Η διαδικασία εκδόσεως του συγκεκριμένου Προεδρικού Διατάγματος κατά τον νόμο είχε την ακόλουθη πορεία: Σύμφωνη γνώμη του τοπικού Μητροπολίτου Ναυπάκτου και Αγίου Βλασίου, Έγκριση της Ιεράς Συνόδου, Πρόταση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού, Γνωμοδότηση του Συμβουλίου της Επικρατείας, υπογραφή από τον Υπουργό Παιδείας, Υπογραφή από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας, δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
2. Η όλη διαδικασία ήταν νόμιμη και διαφανής. Στόν φάκελλο της υποθέσεως στο Υπουργείο Παιδείας κατετέθησαν και οι απόψεις της Ιεράς Μονής με γνωμοδοτήσεις δύο Καθηγητών Πανεπιστημίου και δικηγόρων, ενώ έγινε και ερώτηση για το θέμα προς τον Υπουργό Παιδείας στην Βουλή των Ελλήνων, με στοιχεία που ελήφθησαν από την Ιερά Μονή. Επειδή ζούμε σε μια ευνομούμενη Πολιτεία οφείλουμε να δεχθούμε τις αποφάσεις της. Σε καμμιά σύγχρονη Πολιτεία δεν δικαιολογούνται αναρχοαυτόνομες ενέργειες.
3. Η έκδοση του Προεδρικού Διατάγματος ήταν αποτέλεσμα της ακραίας στάσεως την οποία τηρούσαν οι υπεύθυνοι της Ιεράς Μονής, η οποία παρά τις πολλές προσπάθειες που έγιναν από τον Σεβ. Μητροπολίτη, την Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος, τις Συνοδικές Επιτροπές και άλλα εκκλησιαστικά πρόσωπα, ηρνείτο συζητήσεις για θέματα εκκλησιαστικά, κανονικά, νομικά και διαχειριστικά που προέκυψαν στην Ιερά Μονή, και η Ιερά Μονή παρέμενε κατ' ουσίαν χωρίς νόμιμη εκπροσώπηση από το 2006. Επομένως, τα πρόσωπα της Μονής που χειρίσθηκαν τα θέματα αυτά φέρουν ακεραία την ευθύνη αυτής της εξελίξεως.
4. Από το κείμενο του Προεδρικού Διατάγματος φαίνεται καθαρά ότι οι Μοναχοί της πρώην Μονής Μεταμορφώσεως από τώρα και στο εξής θα είναι μοναχοί της Ιεράς Μονής Αμπελακιωτίσσης και όλα τα περιουσιακά στοιχεία τα οποία ανήκαν ως τώρα στην Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως θα περιέλθουν στην Ιερά Μονή Αμπελακιωτίσσης, της οποίας η συγχωνευόμενη πρώην Ιερά Μονή καθίσταται Μετόχι. Η Ιερά Μητρόπολη ως αυτοτελές νομικό πρόσωπο έναντι του νομικού προσώπου της ως άνω Ιεράς Μονής δεν νομιμοποιείται (ούτε προτίθεται άλλωστε) να διεκδικήση κανένα περιουσιακό στοιχείο που ανήκε στην πρώην Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως και τους Μοναχούς της.
5. Μέ την παράδοση και παραλαβή των βιβλίων, των ταμείων κλπ. διαχειρίσεων της Ιεράς Μονής θα γίνουν επιτέλους έλεγχοι στις διαχειρίσεις της Ιεράς Μονής και τα πορίσματά τους θα δημοσιευθούν ώστε ο λαός να πληροφορηθή την αλήθεια. Και θα πρέπει οι μοναχοί στα πλαίσια απολύτως διαφανών διαδικασιών να συνεργασθούν με εγνωσμένου επιστημονικού κύρους και κυρίως αμερόληπτους ελεγκτές που θα ορισθούν αρμοδίως για να γίνη πλήρης διαχειριστικός έλεγχος. Επομένως, ο έλεγχος ο οποίος δεν έγινε από το 1997 και εντεύθεν, κυρίως ο έλεγχος των Επιθεωρητών Δημοσίων Διαχειρίσεων από το 2005 που δεν μπόρεσε να καταλήξη σε αποτέλεσμα λόγω μη συνεργασίας των υπευθύνων της Ιεράς Μονής με τους Επιθεωρητές, άρνηση για την οποία καταδικάσθηκαν και σε ποινή φυλάκισης, επί τέλους θα ολοκληρωθή.
6. Είναι ευκαιρία να εφαρμοσθούν και οι αποφάσεις της Ιεράς Συνόδου, οι οποίες διατυπώθηκαν σε ένα άρθρο που θα έπρεπε να εισαχθή στον Εσωτερικό Κανονισμό της Ιεράς Μονής και το οποίο υπέγραψαν οι ίδιοι οι Μοναχοί και έχει αποσταλεί στην Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος. Επομένως, ο Εσωτερικός Κανονισμός της Ιεράς Μονής Αμπελακιωτίσσης ο οποίος θα καταρτισθή θα επιλύση όλα τα εκκρεμούντα ζητήματα, κανονικά, νομικά και εκκλησιαστικά ώστε επί τέλους να επανεντροχιασθούν οι Μοναχοί στα ιερά θέσμια της Εκκλησίας και του Μοναχισμού.
7. Το εκκλησιαστικό και μοναχικό ήθος είναι ήθος μετανοίας. Όλοι πρέπει να αναγνωρίζουμε τα λάθη μας, όταν μάλιστα επισημαίνωνται από τα επίσημα όργανα της Εκκλησίας, και να αποκαθιστούμε τις σχέσεις μας με την Εκκλησία. Δεν μπορεί κανείς να ζή αυτόνομα μέσα στον εκκλησιαστικό χώρο. Επομένως, εάν οι Μοναχοί της πρώην Ιεράς Μονής Μεταμορφώσεως επιδείξουν πνεύμα υπακοής, μετανοίας και αποφασίσουν να εφαρμόσουν τις Αποφάσεις της Ιεράς Συνόδου και του Μητροπολίτου τους, υπάρχει περίπτωση διορθώσεως όλων των σφαλμάτων και των συνεπειών τους. Πάντοτε υπάρχει καιρός ανανήψεως.
8. Η Ιερά Μητρόπολη δεν χαίρεται γι' αυτήν την κατάληξη της όλης υπόθεσης μετά μακροχρόνια και μετ' επιμονής επίδειξη πνεύματος άρνησης και αντιδικίας εκ μέρους των υπευθύνων της Ιεράς Μονής, ούτε είναι επιτρεπτό να ερμηνεύεται ως μια προσπάθεια επιβολής, αλλ' ως μια ενέργεια διορθώσεως των κακώς κειμένων και επαναφοράς της μοναχικής ζωής στα παραδοσιακά δεδομένα.
Οι Ιερές Μονές στην Εκκλησία της Ελλάδος διοικούνται όπως επιτάσσουν οι ιεροί Κανόνες και η εκκλησιαστική νομοθεσία. Κανείς δεν μπορεί να ενεργή αυθαίρετα μέσα στην Εκκλησία και την Πολιτεία. Επίσης, η Ιερά Μητρόπολη πιστεύει ότι αυτή η εξέλιξη δεν θα έχη συνέπειες σε άλλες Ιερές Μονές, διότι το σύνολο των Ορθοδόξων Μονών της Ελλάδος κινούνται σε εκκλησιαστικά και παραδοσιακά πλαίσια και δεν συγκρίνονται με την νοοτροπία που κυριαρχούσε στην πρώην Ιερά Μονή της Μεταμορφώσεως.
9. Ο Απόστολος Παύλος διδάσκει τον μαθητή του Τιμόθεο «πώς δεί εν οίκω Θεού αναστρέφεσθαι, ήτις εστίν εκκλησία Θεού ζώντος, στύλος και εδραίωμα της αληθείας» (Α' Τιμ. γ' 15), γιατί η Εκκλησία είναι το Σώμα του Χριστού, είναι ένας ευαίσθητος θεανθρώπινος οργανισμός που δεν δικαιολογεί φιλοπρωτίες, ανταγωνισμούς, φανατισμούς, κοινωνικούς ρατσισμούς και πολλές ενέργειες που αποτελούν εκφράσεις του παλαιού ανθρώπου. Το μεγαλύτερο προσόν ενός Κληρικού, παντός βαθμού, μοναχού και λαϊκού είναι να διαθέτη εκκλησιαστικό φρόνημα, και αυτό αποκτάται με έντονη άσκηση, μετάνοια και μακροχρόνια σπουδή μαθητείας στα εκκλησιαστικά κείμενα και την Παράδοση της Εκκλησίας.
10. Για την εξέλιξη αυτή, εκτός από τους ιδίους τους μοναχούς ευθύνονται και εκείνοι οι λαϊκοί, οι οποίοι θέλησαν να μετατραπούν σε οπαδούς της Μονής και να καλύψουν τις αντιμοναχικές και αντιεκκλησιαστικές ενέργειες των υπευθύνων της που ενεργούσαν ενίοτε με τρόπους πρωτοφανώς αντικανονικούς προς όλους τους κατά καιρούς Μητροπολίτες Ναυπάκτου.
Πιστεύουμε ότι το πλήρωμα της Τοπικής Εκκλησίας, που έχει ταλαιπωρηθή πάνω από τριάντα χρόνια με τις διαρκείς απείθειες και ανταγωνισμούς προς τους εκάστοτε Μητροπολίτες Ναυπάκτου, ελπίζει και εύχεται στον Θεό να επικρατήση επί τέλους σύνεση, διάκριση, μετάνοια, γιατί τότε όλα θα επιλυθούν κατά τον καλύτερο τρόπο για την δόξα του Θεού και τον έπαινο της Εκκλησίας."